Con l’istituzione del ghetto la comunità ebraica si trovò nell’esigenza di trovare un nuovo luogo dove celebrare il culto, dato che il precedente fu soppresso nel 1669. Il problema fu risolto nel 1672, con la creazione di un primo tempio affacciato su via dell’Aquila. Nel 1775 lo scultore Agostino Cianciani realizzò un nuovo aron marmoreo, ovvero l’armadio destinato a contenere i rotoli della Torah.
Le forme attuali del tempio derivano dalla profonda ristrutturazione terminata nel 1858, coi lavori effettuati da Pietro Marchelli, all’epoca l’architetto più in voga della città. Al suo interno, inoltre, fu istituita anche una scuola ebraica.
Nel 1943 i nazi-fascisti saccheggiarono la sinagoga, distruggendo la biblioteca e depredandola di quasi tutti i beni, in un azione che vide anche l’arresto e la deportazioni di dieci persone. Nel 1944 una bomba esplose nelle vicinanze, danneggiando irrimediabilmente la struttura. Si salvò, in pratica, solo l’aron del Ciancini, che dopo la guerra fu donato ad un oratorio ad Haifa, in Israele, dove oggi si trova.
A conclusione della guerra, la comunità ebraico di Reggio Emilia, ormai ridotta ad un numero troppo esiguo e senza più un tempio, si accorpò a quella di Modena. La sinagoga reggiana inizialmente fu usata ad altri scopi, per poi essere del tutto abbandonata dopo il crollo della cupola negli anni ‘50.
Nel corso degli anni ‘90, tuttavia, un accordo tra il comune di Reggio Emilia e la comunità ebraica reggiana, ha permesso il recupero di questo importante edificio, con un lento e delicato intervento di restauro durato molti anni. Oggi la ex-sinagoga ospita eventi o mostre connesse con l’ebraismo reggiano.