Affacciata sulla via Emilia, che domina dall’alto della sua scalinata, la chiesa dei SS. Pietro e Prospero fu costruita dall’ordine benedettina tra il 1586 e il 1589 su progetto di Guido Dello Torre, al posto di una chiesa più antica del 1140. La chiesa fu rimaneggiata più volte, prima con l’aggiunta della cupola progettata da Paolo Messori (1625-1629), e infine con la costruzione della facciata di Pietro Armani (1782); il campanile, invece, risale 1765. Con l’apertura del sagrato nel 1816, fu spostato l’ingresso principale, separando così la chiesa dalla porta monastica. Dopo l’Unità d’Italia il monastero divenne una caserma, subendo inoltre diverse tamponature: solo in epoca recente è stato restaurato e restituito alla cittadinanza.
La chiesa è ad aula unica e a forma di croce latina, ed impreziosita dalle cantorie seicentesche di Giacomo Cocconcelli. Numerosi sono anche i dipinti, tutti di artisti emiliani del Seicento. In controfacciata c’è il Martirio di Santa Lucia di Pietro Desena (1627); mentre nelle cappelle di sinistra si hanno, nell’ordine: Martirio dei SS. Placido e Bibbiana di Paolo Besenzi (1648-49), San Michele Arcangelo di Pietro Desani, Martirio di Santa Barbara di Alessandro Tiarini (1625). Il Tiarini è anche l’autore della SS. Trinità e la Vergine nella cappella di Santa Scolastica. Nella quarta cappella a destra, invece, si trovano le belle tele con Le nozze di Cana e Il Battesimo di Gesù di Luca Ferrari (1649).
L’aspetto più interessante del complesso sono sicuramente i due chiostri cinquecenteschi. Il chiostro piccolo, addossato alla chiesa, è opera di Bartolomeo Spani (1524-25), il quale rielaborò gli schemi brunelleschiani. Il recente restauro ha permesso di recuperare anche gli affreschi esterni, coperti dalla calce negli anni ‘50.
Il chiostro grande, opera di Prospero e Francesco Pacchioni, risale 1584, e trova la sua ispirazione nell’opera di Giulia Romano a Palazzo Te di Mantova. Presenta un ricco piano inferiore in bugnato, mentre il piano superiore presente finestre timpanate e nicchie decorate da statue di santi benedettini, realizzati dai fratelli Bernardo e Francesco da Lugano nel settimo decennio del XVII secolo.